Zavedením dalšího biometrického prvku se významně zvyšuje bezpečnost osobních údajů občanů. Padělání jejich cestovních dokladů s biometrickými údaji je téměř nemožné, protože díky ePasu lze jednoznačně určit pravou identitu držitele. Není proto možné, aby se jím prokazoval někdo jiný, než jeho vlastník. Prakticky se tak vylučuje možnost zneužití ePasu při ztrátě nebo odcizení.

V souvislosti se zavedením otisků prstů jsou stávající technologie, sloužící k zabezpečení uložených dat a přístupu k nim, rozšířeny o tzv. Extended Access Control. Ta ve vyšší míře zabezpečuje komunikaci mezi ePasem a zařízením, které čte data z čipu ePasu. Pro každou transakci mezi terminálem a ePasem se vytváří unikátní šifrovací kanál. Kdo nebude mít od České republiky oficiálně předán příslušný elektronický certifikát, otisky prstů z ePasu prostě nepřečte. Biometrické údaje jsou uložené pouze v RFID čipu každého ePasu, neexistují v žádné databázi žádného státního orgánu v ČR. Data jsou v souladu se zákonem po lhůtě 60 dní (pro řešení případných reklamací) ze zpracovatelské části systému zlikvidována.

Společnost Siemens IT Solutions and Services dodává v rámci tohoto řešení velkou část hardwarové i softwarové technologie, včetně všech biometrických modulů.