Mobile Device Manager nabízí vyšší stupeň zabezpečení díky možnosti nastavení firemních zásad. Firmy mohou nastavovat a kontrolovat firemní bezpečnostní politiku v jednotném prostředí, podobně jako při správě notebooků a stolních počítačů. Mobile Device Manager dále umožňuje centrálně omezit některé funkce vybraných zařízení. Využít lze např. možnost vypnutí fotoaparátu z důvodů ochrany průmyslového vlastnictví, nebo omezit použití Bluetooth, WiFi, POP3 mail a tím vyloučit hrozbu zavirování systému. Nabízí se i nástroje pro vzdálené vymazání obsahu mobilního zařízení, což je nedocenitelné zejména v případě jeho zcizení nebo ztráty.

Mobile Device Manager umožňuje díky novému Mobile VPN bezpečnostně pokročilý přístup k datům i za firemním firewallem. Mobile VPN podporuje například hladké přechody mezi různými způsoby bezdrátového připojení nebo rychlé obnovení připojení v případě ztráty spojení. Mobile VPN architektura je navíc postavena na standardech jako jsou OMA DM a IKEv2 a dává tak IT profesionálům více flexibility pro rozšíření možností zařízení s Windows Mobile.