Přeprogramováním firmwaru harddisků (tedy přepisem jejich operačního systému), dosáhla skupina následujících dvou cílů:

• Vysokou úroveň odolnosti, která pomáhá malwaru překonat i naformátování disku a reinstalaci operačního systému. Pokud se malware dostane do firmwaru, může se nekonečně obnovovat. Umí totiž zabránit smazání určitého oddílu nebo jeho nahrazení škodlivým během obnovení systému.
• Schopnost tvorby neviditelných a odolných oblastí uvnitř harddisku. Ty jsou využity k ukládání vyfiltrovaných informací a jejich pozdějšímu užití útočníky. Někdy je díky tomu možné prolomit i šifrování.

Kromě těchto technik skupina Equation využila červa Fanny. Jeho hlavním úkolem je zmapovat sítě využívající bezpečnostní techniku „air-gapped networks“, tedy jejich fyzické izolace, porozumět jejich stavbě a pokusit se získat kontrolu nad nimi. K tomu využili mechanismus kontroly a ovládání pomocí infikovaného USB disku se skrytým úložištěm, který útočníkům umožnil dodávat data do a získávat je z těchto izolovaných sítí.

Funguje to tak, že infikovaný USB disk sbíral základní systémové informace z počítače nepřipojeného k internetu a posílal je kontrolním C&C serverům, když byl připojen na počítač infikovaný červem Fanny s internetovým připojením. Pokud útočníci chtěli spustit nějaký úkol na izolované síti, mohli jej uložit na skrytou část úložiště USB a když byl připojen do izolovaného počítače, červ Fanny příkaz rozeznal a provedl jej.

Kromě těchto informací existují hodnověrné důkazy, že skupina Equation komunikovala s dalšími silnými skupinami, jako byl Stuxnet a Flame, a to z nadřazené pozice. Equation měla přístup k zero-day zranitelnostem dřív než Stuxnet a Flame, a poté je s nimi sdílela. Například v roce 2008 využil červ Fanny dvě zero-day zranitelnosti, které byly Stuxnetem využity až v červnu 2009 a v březnu 2010.

Během fáze infikování je skupina schopná využít deset zranitelností v řadě. Nicméně analytici Kaspersky Lab nevypozorovali více než tři. Pokud první nefunguje, použijí útočníci druhou a případně třetí. Pokud ale všechny tři selžou, systém už neinfikují.