Špatná evidence softwaru v účetnictví může tuzemské firmy dostat do velkých problémů. Podle zkušeností organizace BSA, která sdružuje výrobce komerčního softwaru, se mohou společnosti dostat například do konfliktu s finančním úřadem, pokud neevidují pořízený software jako drobný nehmotný majetek.

Daňoví poradci proto doporučují klientům programové i hardwarové vybavení, které nesplňuje podmínky pro zařazení do dlouhodobého majetku firmy, účetně evidovat na podrozvahových účtech, a to až do jeho vyřazení z používání. Pak je jednoduše prokazatelné, že firma oprávněně vykazuje náklady spojené s provozem, případně technickým zhodnocením výpočetní techniky. Důsledná evidence softwaru může manažerům také zásadně pomoci v případě, že policie firmu prošetřuje kvůli podezření z užívání nelegálního softwaru. Podle zkušeností BSA ale firmám dělá problémy účetní doklady a licenční dokumentaci k pořízenému softwaru vůbec dohledat a dopouštějí se různých chyb. To se promítá i v případném soudním řízení. Chybou je například skartování účetních dokladů k softwaru v době, kdy se ještě programy užívají.