Ondřej vystudoval Matematicko-fyzikální fakultu Univerzity Karlovy v Praze, obor Informatika, a University of Pittsburgh - Joseph M. Katz Graduate School of Business (MBA). Během studia na Karlově univerzitě začal pracovat ve společnosti IPEX a. s., kde později působil jako technický ředitel a člen představenstva. Od prosince 2004 je Ondřej výkonným ředitelem sdružení CZ.NIC. Vedle výkonu své funkce v CZ.NIC působí jako předseda představenstva sdružení NIX.CZ (Neutral Internet Exchange), člen vedení mezinárodního sdružení RIPE NCC, předseda představenstva Euro-IX (European Internet Exchange Association) a člen představenstva IX-F (Internet eXchange Federation). V minulosti Ondřej působil jako aktivní člen rady ccNSO (Country Code Names Supporting Organisation) v rámci organizace ICANN (Internet Corporation for Assigned Names and Numbers); v ní v současnosti zasedá ve významném a prestižním Poradním výboru pro bezpečnost a stabilitu (SSAC). Organizace ICANN v roce 2022 jmenovala Ondřeje Filipa "strážcem klíče od Internetu", je tedy jedním ze 14 důvěryhodných zástupců mezinárodní internetové komunity, kteří dohlíží na proces podepisování záznamů kořenové zóny. Ondřej Filip také působil v Multistakeholder Advisory Group, která je poradním orgánem generálního tajemníka OSN pro Internet Governance Forum, a v organizaci DNS OARC (The Domain Name System Operations Analysis and Research Center), jejímuž představenstvu čtyři roky předsedal. Ondřej Filip je od roku 2019 členem Síně slávy Cybersecurity, v níž jsou zastoupené osobnosti, které zásadním způsobem nebo dlouhodobým pozitivním přínosem ovlivnili kyberbezpečnost v České republice. Ve svém volném čase rád hraje basketbal nebo programuje opensource software.

Hlavním posláním organizace RIPE NCC je přidělovat internetové adresy, bez nichž by nemohl fungovat Internet v Evropě, na Blízkém východě a v postsovětských zemích. Ondřej Filip, který v Česku vede sdružení CZ.NIC a předsedá představenstvu sdružení NIX.CZ (neutrální propojovací internetový uzel pro Česko, Slovensko a Rakousko), se tak 1. září stal historicky nejvýše postaveným Čechem v mezinárodní struktuře organizací zajišťující správu Internetu.